İstanbul’da bazen geçmişe ulaşmak için bir müzenin kapısından değil, şehrin kalabalığının altında açılan birkaç metrelik bir kazıdan geçmek gerekiyor. Yenikapı’da Marmaray ve metro projeleri kapsamında 2004 yılında başlayan çalışmalar da tam olarak böyle bir hikayeye dönüştü ulaşım için kazılan toprak derinleştikçe karşılaşılan arkeolojik kalıntılar, modern İstanbul’un altında yüzyıllardır sessizce duran bambaşka bir şehrin izlerini ortaya çıkardı. Kazıların en çarpıcı sonuçlarından biri, Bizans döneminin önemli limanlarından Theodosius Limanı’nın gün ışığına çıkarılmasıydı Limanın dolguları ve eski kıyı alanlarında yapılan çalışmalar sırasında farklı dönemlere ait 37 gemi batığı tespit edildi böylece Yenikapı, yalnızca İstanbul için değil, antik ve Orta Çağ gemi yapım tekniklerini araştıran bilim insanları açısından da son derece önemli bir arkeolojik alana dönüştü.
Fakat toprağın altında yalnızca gemiler yoktu. Amphoralar, günlük yaşamda kullanılan çeşitli eşyalar, hayvan kemikleri ve liman yaşamına ilişkin çok sayıda buluntu, buranın bir zamanlar nasıl hareketli bir dünya olduğunu anlamamıza yardım etti. Bugün trafik gürültüsünün metro hatlarının ve kalabalığın hakim olduğu Yenikapı’da yüzyıllar önce gemilerin yanaştığını, yüklerin indirildiğini ve insanların limanın çevresinde günlük hayatlarını sürdürdüğünü düşünmek, İstanbul’un değişimini gözler önüne seren güçlü bir karşıtlık yaratıyor. Kazılar derinleştikçe hikaye Bizans döneminin de ötesine geçti. Yenikapı’da çok daha eski yerleşim tabakalarının ortaya çıkması, İstanbul’un bilinen geçmişine ilişkin önemli yeni veriler sağladı ve bölgede insan yaşamının yaklaşık 8.500 yıl öncesine kadar uzanan izleri bulundu Böylece birkaç yüzyıllık bir limanın altında binlerce yıl daha eski bir İstanbul'un bulunduğu anlaşıldı.
Yenikapı’yı etkileyici yapan da tam olarak bu aynı noktada modern metro istasyonu, Bizans limanı ve binlerce yıl önce yaşamış insanların izleri üst üste duruyor. Her gün binlerce insanın birkaç dakika içinde geçtiği bu bölge, aslında İstanbul’un farklı çağlarının birbirinin üzerine yazıldığı devasa bir tarih kitabı gibi. Belki de Yenikapı kazılarının bıraktığı en güçlü düşünce şu İstanbul’un gördüğümüz kısmı, hikayenin yalnızca üst katmanı olabilir. Çünkü bu şehirde bazen en büyük tarih, gözümüzün önünde değil, ayaklarımızın hemen altında saklanıyor.