Keops Piramidi'nin içerisinde Kral Odası'na, Büyük Galeri'ye ve yeraltındaki bölümlere ulaşan geçitler yüzyıllardır biliniyor fakat yapının merkezine yakın konumdaki ve geleneksel olarak Kraliçe Odası adı verilen bölümde bulunan iki son derece dar şaft, piramidin hala çözülemeyen en ilginç mimari bilmecelerinden birini oluşturuyor, çünkü bu kanallar dışarıya açılmak yerine piramidin taş kütlesinin içerisinde ilerliyor ve sonunda insan eliyle yerleştirilmiş olduğu açıkça görülen taş engellerle karşılaşıyor. Üstelik Kraliçe Odası adı modern bir adlandırmadır ve odanın gerçekten bir kraliçenin gömülmesi amacıyla hazırlandığına dair kesin kanıt bulunmamaktadır Odanın kuzey ve güney duvarlarında bulunan dar kanalların başlangıç noktaları da başlangıçta doğrudan odaya açık değildi. 19 yüzyılda araştırmacı Waynman Dixon tarafından duvarların arkasında keşfedildiler. Böylece Keops Piramidi'nin içerisinde, bir insanın sürünerek bile rahatlıkla ilerleyemeyeceği kadar dar iki kanalın taşların arasından bilinmeyen bir hedefe doğru uzandığı anlaşıldı.
Şaftların ne işe yaradığı o günden beri tartışılıyor. İlk dönemlerde bunların havalandırma kanalları olabileceği düşünüldü, ancak özellikle Kraliçe Odası şaftlarının piramidin dış yüzeyine ulaşmaması bu açıklamayı problemli hale getirdi. Başka araştırmacılar kanalların dinsel veya sembolik işleve sahip olabileceğini, firavunun ruhunun belirli yıldızlara veya göksel bölgelere ulaşmasını temsil eden mimari yollar olarak tasarlanmış olabileceklerini ileri sürdüler. Fakat bugün bile şaftların gerçek amacı konusunda herkesin kabul ettiği kesin bir açıklama bulunmuyor. Modern araştırmaların en heyecan verici aşaması 1993 yılında başladı. Alman mühendis Rudolf Gantenbrink tarafından geliştirilen küçük robot Upuaut 2 Kraliçe Odası'nın güney şaftına gönderildi. Robot dar kanal içerisinde yaklaşık 60 metre ilerledikten sonra beklenmedik bir engelle karşılaştı Kanalın sonunda düzgün biçimde yerleştirilmiş küçük bir taş levha bulunuyor ve levhanın yüzeyinden dışarı doğru iki metal parça çıkıyordu.
Görüntüler yayımlandığında Keops Piramidi'nin yeni gizemi doğmuştu. Taş levha gerçekten bir kapı mıydı? Arkasında başka bir koridor mu bulunuyordu? Bilinmeyen bir oda, ritüel alan veya piramidin inşası sırasında kapatılmış başka bir bölüm olabilir miydi? Sorular yıllarca cevapsız kaldı. 2002 yılında bu kez National Geographic destekli Pyramid Rover adlı robot güney şaftına gönderildi. Robotun önünde özel olarak tasarlanmış küçük bir matkap bulunuyordu ve amaç Gantenbrink'in keşfettiği taş engelin arkasını ilk kez görebilmekti. Taşa küçük bir delik açıldı ardından kamera bu delikten geçirildi. Fakat kapının arkasında beklenen büyük oda ortaya çıkmadı.
Kamera, ilk taş levhanın arkasında küçük bir boşluk bulunduğunu ve onun ilerisinde başka bir taş yüzeyin yer aldığını gösterdi. Başka bir ifadeyle araştırmacılar ilk engelin arkasına ulaşmış, fakat karşılarında ikinci bir engel bulmuşlardı. Gizem çözülmek yerine adeta piramidin içerisine doğru bir katman daha ilerlemişti. Üstelik yalnızca güney şaftı gizemli değildi. Kraliçe Odası'nın kuzey şaftında gerçekleştirilen robot araştırmaları da benzer bir taş engel ortaya çıkardı ve burada da metal parçalar görüldü. Böylece bunun tek bir kanalda rastlantısal biçimde bulunan sıradan bir yapı olmadığı, iki şaftın mimarisinde de bilinçli olarak hazırlanmış benzer unsurlar bulunduğu anlaşıldı. 2011 yılında ise Djedi Project adı verilen yeni robotik araştırma, hikayeyi daha da ilginç hale getirdi. Önceki robotlardan farklı olarak Djedi'nin kamerası dar açıklıktan geçirilerek çevresini daha geniş açıyla inceleyebiliyordu. Güney şaftındaki ilk taş engelin arka yüzü böylece daha ayrıntılı biçimde görüntülendi ve metal parçaların arka tarafta küçük halkalar veya bağlantılar oluşturduğu görüldü.
Daha da dikkat çekici olan, taşın arkasındaki zeminde veya duvarlarda kırmızı renkli işaretlerin görülmesiydi. Bunların ne anlama geldiği kesin olarak bilinmiyor. Piramidin inşasında çalışan ekiplerin bıraktığı ölçüm, hizalama veya yapı işaretleri olabileceği düşünülüyor dolayısıyla bunları gizli bir mesaj veya bilinmeyen bir yazı sistemi olarak yorumlamak için bilimsel dayanak bulunmuyor Ancak yaklaşık 4.500 yıldır insanların doğrudan ulaşamadığı düşünülen küçücük bir bölümde bu işaretlerin bulunması bile araştırmacılar açısından son derece değerliydi. Şaftların ucundaki metal parçaların işlevi de çözülebilmiş değildir. İlk görüntülerden itibaren bunlar popüler anlatılarda bakır kulplar olarak tanımlansa da gerçekten bir kapıyı açmak için kullanılan kulplar oldukları kanıtlanmış değildir. Bunların sembolik unsurlar, yapısal bağlantılar veya bugün anlamını bilmediğimiz başka bir mimari düzenlemenin parçaları olması mümkündür. Asıl büyük soru ise hala ikinci taş engelin arkasında ne bulunduğudur.
Bugüne kadar elde edilen bulgular, burada gizli bir hazine odasının veya Keops'un gerçek mezarının bulunduğunu kanıtlamıyor. Aynı şekilde şaftların yıldızlara yönelen mistik geçitler olduğu da kesinleşmiş değildir. Bildiğimiz şey çok daha sade fakat belki daha etkileyicidir. Antik Mısırlılar Kraliçe Odası'ndan piramidin içerisine doğru iki son derece dar kanal inşa etmiş, bu kanalların belirli noktalarına taş engeller yerleştirmiş ve bu yapılardan en az bazılarında metal parçalar kullanmıştır. Bunun neden yapıldığı sorusu ise yaklaşık dört buçuk bin yıl sonra hala açık durumdadır. Keops Piramidi'nin büyüklüğü düşünüldüğünde bu şaftlar küçücük ayrıntılar gibi görünebilir fakat tam tersine, piramidin inşasının ne kadar hassas biçimde planlandığını gösterirler. Tonlarca ağırlığındaki milyonlarca taş blok yükselirken, yapının içerisinde yalnızca birkaç düzine santimetre genişliğinde kanalların belirli yönlerde ilerletilmesi ve sonlarının özel taşlarla kapatılması tesadüfi bir uygulama olarak görünmemektedir.
Belki şaftların amacı tamamen mimariydi, belki dinsel düşüncenin taşlara dönüştürülmüş bir parçasıydı, belki de bugün henüz anlamadığımız daha büyük bir iç düzenin bileşeniydi. Fakat kesin cevap bulunmadığı sürece Keops Piramidi'nin içerisindeki bu iki dar yol, Antik Mısır'ın en küçük fakat en inatçı bilmecelerinden biri olmaya devam edecek. Çünkü piramidin en etkileyici sırrı bazen devasa bir mezar odasında değil, bir robotun ancak sığabildiği karanlık bir kanalın sonunda duran küçücük bir taş levhada saklanabilir. Ve geriye hala aynı soru kalıyor. İlk taş engelin arkasında ikinci bir engel varsa, ikinci taşın arkasında ne var?